「ランディングページ・アクティブラーニング」の動画で、固定ページで作成したフロントページの表示設定をホームページに設定したら、固定ページのURLが変わってしまいました。

こちらは「ホームページの表示」メニューで
固定ページ→ホームページ：フロントページ（～.com/top）を
設定されているため正しい動作となります。問題ございません。

例）
https://hoge.com/top/
↓　「ホームページ設定」後
https://hoge.com/

※もし、https:// ～～.com/　のURLで表示させたいページが
既に存在するのであれば、上記設定を元に戻していただければ
元の表示に戻ります。その場合は、https://～～.com/top/
のURLのまま、後続の作業を進めて頂いて問題ございません。